Моделирование взаимодействий между флударабином и ДНК-полимеразой бета методом молекулярной динамики

Альбасри, С.; Августинович, А.А.; Ханчевский, М.А.; Квасюк, Е.И.; Сыса, А.Г.; Albasri, S.; Avgustinovich, A.A.; Khanchevskii, M.A.; Kvasyuk, E.I.; Sysa, A.G.

Please use this identifier to cite or link to this item: https://rep.polessu.by/handle/123456789/33326

Title:	Моделирование взаимодействий между флударабином и ДНК-полимеразой бета методом молекулярной динамики
Other Titles:	Modeling of interactions between fludarabine and DNA polymerase beta by the method of molecular dynamics
Authors:	Альбасри, С. Августинович, А.А. Ханчевский, М.А. Квасюк, Е.И. Сыса, А.Г. Albasri, S. Avgustinovich, A.A. Khanchevskii, M.A. Kvasyuk, E.I. Sysa, A.G.
Keywords:	docking modified nucleosides DNA replication enzymes antimetabolites DNA polymerase докинг модифицированные нуклеозиды ферменты репликации ДНК антиметаболиты ДНК-полимераза
Issue Date:	2023
Publisher:	Минск : ИВЦ Минфина
Citation:	Моделирование взаимодействий между флударабином и ДНК-полимеразой бета методом молекулярной динамики / С. Альбасри, А. А. Августинович, М. А. Ханчевский [и др.] // Сахаровские чтения 2023 года: экологические проблемы XXI века : материалы 23-й Международной научной конференции, Минск, Республика Беларусь, 18–19 мая 2023 г. : в 2 ч. / Международный государственный экологический ин-т им. А. Д. Сахарова Бел. гос. ун-та; редкол. : А. Н. Батян [и др.] ; под ред. О. И. Родькина, М. Г. Герменчук. – Минск : ИВЦ Минфина, 2023. – Ч. 1. – С. 410-413.
Abstract:	В работе рассматривается одна из актуальных проблем – моделирование межмолекулярных взаимодействий биологически активных соединений ряда модифицированных нуклеотидов с ферментами репликации ДНК с использованием молекулярно-динамических подходов. В настоящей работе проведен молекулярный докинг взаимодействий фермента, участвующего в синтезе ДНК (ДНК-полимераза β) и лиганда (флударабина). Проанализированы результаты для полученных 80 систем, отобраны репрезентативные структуры комплексов на основе кластеризации и ранжирования по баллам результатов молекулярного докинга. Установлено, что в ходе докинга ДНК-полимеразы бета и флударабина возникает 5 водородных связей между аминокислотами Arg40, Arg183, Asp276 и Asp192 ДНК-полимеразы бета и атомами кислорода гидроксильных групп флударабина. При этом аминокислота Asp276 формирует две водородные связи с атомами кислорода гидроксильных групп флударабина.
Description:	The paper deals with one of the topical problems – modeling of intermolecular interactions of biologically active compounds of a number of modified nucleotides with DNA replication enzymes using molecular dynamics approaches. In this work, we performed molecular docking of interactions between an enzyme involved in DNA synthesis (DNA polymerase β) and a ligand (fludarabine The results for the obtained 80 systems were analyzed, representative structures of the complexes were selected based on clustering and ranking by scores of the results of molecular docking. It was found that during the docking of DNA polymerase beta and fludarabine, 5 hydrogen bonds arise between the amino acids Arg40, Arg183, Asp276 and Asp192 of DNA polymerase beta and the oxygen atoms of the hydroxyl groups of fludarabine. At the same time, the amino acid Asp276 forms two hydrogen bonds with the oxygen atoms of the hydroxyl groups of fludarabine.
Appears in Collections:	Публикации сотрудников / Publications of the teaching stuff of Polessky State University

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
Modelirovanie_vzaimodeistvii.pdf		845.73 kB	Adobe PDF	View/Open

Show full item record

Digital Repository Of Polessky State University

Digital Repository
Of Polessky State University